كان القدّيس أفلوجيوس راهبًا في سورية حين أخذه القدّيس برسيس، أسقف الرها، معه كمساعد. نُفي برسيس إلى بلاد ما بين النهرين فجاهد أفلوجيوس وبروتوجينوس الجهاد الحسن ليحفظا الشعب في الإيمان القويم. لما عبر الأمبرطور والنس الآريوسي بالرها ساءه أن يرى فيها العديد من ذوي الرأي القويم وأمر الحاكم مودستوس بأن يطردهم، حاول الأمبراطور الضغط على الكهنة والشمامسة بعدما عجز الحاكم عن أخذ التدبير الموافق بحقّ الأرثوذكسيّين لكثرة عددهم. هدّدهم الأمبراطور بالنفي أو أن يدخلوا في شركة الأسقف الآريوسي، جواب أفلوجيوس، باسم الجميع، كان أنهم باقون على الأمانة للأسقف برسيس. جرى نفي ثمانين منهم فيما نُفي أفلوجيوس وبروتوجينوس إلى الصعيد. هذا تبيّن أنّه كان للخير لأنّ وثنيّين عديدين جرت هدايتهم في فترة المنفى هذه. لما رقد والنس سُمِّيَ أفلوجيوس أسقفًا للرها وسامه القدّيس أفسافيوس السميصاتي المعيّد له في 22 حزيران. هذا فيما تسقّف بروتوجيوس على قارة في بلاد ما بين النهرين، وهي حاران الكتابيّة. رقد القدّيس أفلوجيوس بسلام في الربّ في العام 387م.