ولد في أسيوط حوالي السنة 305م، تعلّم منذ الحداثة مهنة النجّار. فلمّا بلغ العشرين، كفَرَ بالعالم وبنفسه وانضمّ، راهبًا، إلى شيخ قدّيس. سلَكَ في الاتّضاع وقطع المشيئة حتّى عجب منه الشيخ أبوه. ولكي يمتحنه، كان يأمُره بما لا طاقة لبشريّ على فعله. أعطاه، ذات يوم، قضيبًا بعضُه قد أنتن وأمره بزرعه وسقايته مرّتين في اليوم إلى أن يتجذّر، ولسنة كاملة أخذ يوحنا ينفّذ بدقّة أمر معلّمه دونما اعتراض أو تذمّر. وكان يُضطرّ إلى المشي مسافة ميلَين لإحضار الماء. هذه الطاعة الكاملة التي أبداها يوحنا هي التي أهّلته لاقتبال نعمة الرّوح القدس وموهبة النبوّة.
إثر وفاة الشيخ أبيه، أمضى القدّيس بعض الوقت في عدد من أديرة الشركة، عاد بعدها إلى موطنه ليقيم في مغارة يصعب الوصول إليها. كان يفتح نافذة أقامها في المغارة نهار السبت والأحد ليتحدّث مع زائريه الذين كانوا يقصدونه من بعيد لينتفعوا من تعليمه لهم، عاش على هذا النحو حوالي ثمانية وأربعين عامًا. مَنّ عليه الربّ بموهبة النبوّة إلى حدّ أنّه كان ينفذ إلى الأفكار الحميمة لزائريه، وحظيَ أيضًا بموهبة الشفاء التي تعاطاها عن بُعد اجتنابًا للمجد الباطل. هذا وقد ورَد الكلام عليه لدى العديدين ككاتب تاريخ رهبان مصر. عمّر إلى سنِّ التسعين، وقبل وفاته كفّ عن التحدّث إلى الناس وانكفأ ثلاثة أيّام ساجدًا مصليًّا إلى أن أسلم الروح. كان ذلك في السنة 394م.
